Las investigaciones realizadas en la ERNO en el área de Geoquímica tienen como objetivo establecer criterios geoquímicos (isótopos radiogénicos, isótopos estables, elementos mayores y traza) para resolver diferentes problemas geológicos. Se están desarrollando dos líneas de investigación:
Resolver inquietudes en relación a yacimientos minerales para analizar la naturaleza de la fuente de los magmas y de los metales, así como observar variaciones regionales en el basamento. Esta línea de investigación es desarrollada por el Dr. Martín Valencia Moreno; b) Resolver problemáticas relacionadas a rocas sedimentarias con el fin de establecer una cronoestratigrafía de las rocas e identificar la posible área fuente de los depósitos. Esta línea de investigación es desarrollada por el Dr. Madhavaraju Jayagopal.