La biogeoquímica ambiental, estudia la interacción entre los compuestos geoquímicos y los organismos vivos. Aquellas sustancias incluidas en los minerales, sedimentos, suelo y agua que representan un potencial riesgo para el equilibrio del medio y la bioquímica de los organismos.
Las investigaciones que se desarrollan en la ERNO en esta área tienen como objetivo estudiar; las fuentes, mecanismos de transporte y de toxicidad potencial, el desarrollo y aplicación de biotecnologías para remediación de contaminantes orgánicos e inorgánicos.
En la ERNO se desarrollan tres líneas de investigación principales: